学院拥有多层次的科研平台,包括国家级高端科研机构、省部级重点实验室以及实验基地,形成从高到低、相互支撑的科研体系。
洪涝灾害风险预警与防控应急管理部重点实验室于2021年经应急管理部评审挂牌组建(应急函〔2021〕114号),依托河海大学、应急管理部国家自然灾害防治研究院、国家气象中心建设。
中国气象局水文气象重点开放实验室是在前期中国气象局-河海大学水文气象研究联合实验室基础上升级成立,依托单位为国家气象中心和河海大学,参与单位包括国家卫星气象中心及湖北、广东、河南、四川、江苏、天津、安徽、浙江、贵州等气象局及相关部门。