学院拥有多层次的科研平台，包括国家级高端科研机构、省部级重点实验室以及实验基地，形成从高到低、相互支撑的科研体系。
科研平台
水灾害防御全国重点实验室
水灾害防御全国重点实验室前身是水文水资源与水利工程科学国家重点实验室，实验室于2005年3月经科技部批准，依托河海大学和南京水利科学研究院共同建设，2007年6月通过验收。2013、2018年连续评为优秀类国家重点实验室。2023年3月，国家科技部正式批准通过实验室重组为水灾害防御全国重点实验室。
水资源高效利用与工程安全国家工程研究中心
水资源高效利用与工程安全国家工程研究中心是经国家发展和改革委员会批准设立的水资源领域国家级科技创新平台。中心由河海大学与中国长江三峡集团有限公司于2005年共同组建，法人实体为南京河海科技有限公司。中心2021年通过国家发改委的优化整合评价，成为第一批纳入新序列管理的国家工程研究中心。