水务工程系建立于2003年，现有专职教师15名，其中博士生导师5名，教授6名、副教授6名、讲师3名，承担河海大学水务工程本科专业、城市水务硕士和博士学科点的教学和人才培养工作，从事城市化地区水安全、水资源、水环境等方面的科学研究和生产任务。

水务工程专业是2002年教育部批准新设的本科专业，隶属于水利工程学科，于2003年招收第一届本科生。随着城市化地区对水务人才的需求增加，水务工程专业招生规模已扩大至每年四个班140多人，成为热门专业。2006年受教育部和水利教学专业委员会委托，水务工程系主持负责编制了《普通高等学校水务工程本科专业规范》及《水务工程专业发展战略研究》，为指导和规范全国水务工程专业教学奠定了基础。

为了满足水务事业发展对高级人才的需求，2004年建立了城市水务硕士点和博士点，主要研究方向为城市水资源与供水、城市防洪与排水、城市水环境、城市水务规划与管理。迄今已已经培养了150多名城市水务硕士和博士，毕业分配率100%，得到用人单位广泛好评。

水务工程系非常重视教学与科研相结合，主持和承担各类教学科研项目约300余项，包括973计划、863项目、国家自然科学重点基金、国家及省市重大项目等高水平研究课题，数十项教学和科研项目获得国家及省部级奖励，并发表高质量科技论文500多篇，编写专著、教材30多本。