水文生态环境实验室位于刘光文馆附楼，于2016年建成。实验室面积250平方米，设备总值300多万元。实验室基础设施完善，有气瓶间、危险化学药品间及废气收集处理系统，为师生提供了安全、环保的实验环境。目前为我院水文与水资源工程、自然地理与资源环境、水务工程三个专业开设的实验课主要有仪器分析实验、水环境与水生态监测与分析、水环境化学实验、微生物与水生生物学实验、环境监测实习等。

实验室有气相色谱仪、液相色谱仪、超低温冰箱、连续流动分析仪、台式冷冻高速离心机等设备，可以开展水环境、微生物等方面的科研实验工作。