水文预报研究所（Institute of Hydrological Forecasting）以原水文预报教研室为基础变更而来，现有教职工13人。其中教授4名，博士生导师4名，副教授4名，享受国务院津贴专家1名，江苏省高校“青蓝工程”优秀青年骨干教师1名，河海大学创新人才计划1名。

研究所以教学与科研并重，实现教学为科研生产服务，科研生产促进教学的发展。

研究所承担的专业主干课程有水文预报和水文学原理，一般专业课程水质模型和水文实验，及其选修课实时洪水预报系统误差修正等。主编的水文预报教材为“十五”国家级规划教材、高等学校水利学科专业规范核心课程教材，获得了江苏省水文优秀课程群、江苏省精品教材等奖项，为全国40多所高校选用。以教材为基础的水文学原理、水文预报课件获江苏省高校优秀多媒体课件二等奖各一项。培养博士、硕士和留学生共232名。

研究所从事研究方向主要有：流域水文模拟、同位素水文、洪水预报、枯季径流与旱情预报、融雪径流预报、施工洪水预报、流域土壤侵蚀与泥沙等。

研究所承担了国家自然科学基金重点项目2项、国家科技支撑计划项目2项、国家自然科学基金项目16项、水利部重大项目7项、博士点基金5项等，许多科研项目成果经专家鉴定达到了国际先进水平。至2012年底，获国家科技进步奖4项，部省级科技进步奖25项，发明专利2项，实用新型专利6项，出版专著5部，发表三大检索论文181篇，研究的流域实时洪水预报系统在全国20多个省200多个水库、流域、电厂和各级防办、水利等政府部门推广应用。