水资源研究所成立于2010年，系以原水资源规划与管理教研室为基础扩充而成，兼具教学和科研双重功能。现有双聘院士2名，专职教师16名，专职教师中：教授5名，副教授4名，博士生导师3名，硕士生导师10名，享受国务院津贴专家1名，江苏省高校“青蓝工程”中青年学术带头人培养对象2名，江苏省“333高层次人才培养工程”中青年科学技术带头人2名。

教学方面，承担涵盖继续教育、本科生、硕士生和博士生等不同层次的教学任务，开设包括“运筹学”、“工程经济学”、“水利计算”、“水资源利用”等本科生主干课程和“水资源系统规划与管理”、“水资源系统工程分析”、“同位素水文学”等研究生学位课程在内的各类课程10余门；主编国家级规划教材3部，江苏省精品教材1部，录制国家精品视频公开课1部，主持国家双语教学示范课程1门；每年培养50名左右的在校硕士和博士研究生。

科研方面，主要和特色研究方向包括：变化环境下水资源演变规律、水资源评价、水资源优化配置、地下水系统理论与调控、地下水开发利用、防洪规划与调度、水利水能规划与水电站经济运行、生态水利规划及管理、工程生态效应评估、水土资源利用、同位素技术应用等。承担“973计划”、“国家科技支撑计划”、“国家自然科学基金”、“水体污染控制与治理科技重大专项”、“公益性行业科研专项经费”等各类项目的研究任务，并面向社会生产需求开展大量的科技咨询和服务工作。研究成果获国家科技进步二等奖1项，省部级科技进步一、二等奖12项，其他奖励数十项，发表大量的高水平学术论文。开发的流域实时洪水调度系统、水电站经济运行决策支持系统、水资源优化配置情景共享模拟系统等在全国的水库、流域、水电厂、防汛和水资源管理部门中获得推广应用。