工程水文与水文气象研究所历史可追溯到1956年华东水利学院水文系设立的工程水文教研组和气象及地理教研组，于2010年正式成立，是依托水文水资源学院设立的集教学与科研于一体的专业研究所。目前拥有在职人员9人，其中教授5人，副教授2人，讲师2人。

围绕防洪减灾所面临的科学和生产问题，以气象/气候学及水文不确定性理论为支撑，形成了紧跟学科前沿问题，又面向生产实际重大需求的研究团队。目前研究主要集中在工程水文设计、水文不确定性理论与水灾害防治、数值天气预报、中长期水文预报、气候变化分析与模拟、洪旱灾害风险分析等领域或方向。拥有“流域水文过程实验场”实验室，可以开展从气象水文要素观测、到产汇流机制及水旱灾害形成的全过程实验研究。

本所已培养了300余名全日制博士/硕士研究生；目前正在培养的博士/硕士研究生50余名，为我国水利事业培养了大量的接班人。

本所承担了水文水资源专业人才培养及相关课程的教学任务，主要承担了《水文统计》、《工程水文学》、《工程水文及水利计算》、《水文分析计算》、《随机水文学》、《水文随机分析》、《气象学与气候学》、《中长期水文预报》、《水利工程风险分析》、《水文水资源不确定性分析》等本科及研究生课程的教学工作；编写了3部国家规划教材，3部省精品立项教材，5部国家规范核心课程教材，并建成了《水文统计》、《工程水文学》、《水资源与现代水利》等国家精品课程。目前已形成了具有本专业方向特色的教材、实习与课程设计教学体系。

本所已获得省级以上科技与教学成果奖20余项，包括2项国家科技奖，1项国家级教学成果奖。发表论文300余篇，其中SCI和EI 80余篇，出版论著10余本。

目前，工程水文与水文气象研究所已形成了以博士、教授为主的人才结构合理的教学与科研团队，为河海大学国家重点学科“水文学及水资源学”的持续发展提供支撑。